Institut Nasional Nusantara (INN) Al Farabi dipimpin oleh sivitas akademika yang memiliki rekam jejak kepemimpinan serta kompetensi tinggi di bidang pendidikan tinggi, riset, dan tata kelola kelembagaan. Kepemimpinan tertinggi institusi berada di bawah kendali Rektor yang didampingi oleh Senat Institut sebagai organ normatif dan perwakilan sivitas akademika.
